盖亚奥特曼的故事发生在另一个时空中，这个时空既不同于昭和时代奥特曼的时空，也不同于迪迦奥特曼和戴拿奥特曼的时空具有两个在如何保卫地球不受破坏招来体破坏上思想相冲突的奥特曼。故事的前一半展示了他们之间越来越紧张的关系以及两人最后的决战，而后一半则调解了两人的分歧，因此他们才能打败共同敌人。剧中的战队也不同于以前的战队，而比以前也有许多次出场，并且两人在故事开始经常争执。他们的思想就像他们皮肤一样不同。不像盖亚（或是到那时的所有奥特曼），阿古茹完全是蓝色的。盖亚很坚定地去救地球和人类，可同样出生在地球的阿古茹，在一开始只有兴趣保护这个星球，甚至不惜牺牲人类（他和盖亚的分歧就是从这里开始的）。故事发生的时间设定在2000年。而的都要庞大。在故事中有多种类型的怪兽，除了来自宇宙的侵略者外，还有不少地球的怪兽以及一些未知受天气控制的机器人。